Ернар Бакенаў нарадзіўся ў 1974 годзе ў г. Караганда (Казахстан). Скончыў Карагандзінскі дзяржаўны ўніверсітэт (спецыяльнасць па адукацыі – эканаміст).
Працоўную дзейнасць пачаў у 1996 годзе ў філіяле Народнага банка Ленінскага раёна г. Караганда.
З 1997 па 2007 гады працаваў у мытных органах Рэспублікі Казахстан, у гарадах Кастанай і Караганда, займаў пасаду начальніка аддзела мытнага афармлення Мытнага камітэта Рэспублікі Казахстан.
З 2008 па 2012 гады – галоўны эксперт, намеснік дырэктара дэпартамента, дырэктар дэпартамента АТ «Цэнтр развіцця гандлёвай палітыкі».
З чэрвеня 2012 года па красавік 2017 года займаў пасаду дырэктара Дэпартамента міжнароднай эканамічнай інтэграцыі Міністэрства нацыянальнай эканомікі Рэспублікі Казахстан.
З красавіка па верасень 2017 года – Віцэ-міністр нацыянальнай эканомікі Рэспублікі Казахстан.
З чэрвеня 2018 года па студзень 2023 года – памочнік члена Калегіі па канкурэнцыі і антыманапольным рэгуляванні Еўразійскай эканамічнай камісіі.
У лютым 2023 года прызначаны на пасаду дырэктара Дэпартамента развіцця прадпрымальніцкай дзейнасці Еўразійскай эканамічнай камісіі.
