Департамент өз қызметінде 2014 жылғы 29 мамырдағы Еуразиялық экономикалық одақ туралы шартты, Одақ құқығын құрайтын өзге де халықаралық шарттарды, Жоғары Еуразиялық экономикалық кеңестің, Еуразиялық үкіметаралық кеңестің, Комиссия Кеңесі мен Комиссия Алқасының шешімдері мен өкімдерін, сондай-ақ Департамент туралы ережені басшылыққа алады.
Департамент өз қызметін дербес және Комиссияның басқа құрылымдық бөлімшелерімен, сондай-ақ өз құзыреті шегінде Комиссия құрған консультативтік органдармен және жұмыс топтарымен, Еуразиялық экономикалық одаққа мүше мемлекеттердің мемлекеттік билік органдарымен, жергілікті өзін-өзі басқару органдарымен, өзге де органдарымен және ұйымдарымен, халықаралық ұйымдармен, мүше мемлекеттердің заңды және жеке тұлғаларымен өзара іс-қимылда жүзеге асырады.