Эльдар Алишеров имеет солидный опыт руководящей работы в органах государственной власти Кыргызской Республики. С 2022 года занимал должность заведующего отделом по делам Евразийского экономического союза Администрации Президента Кыргызской Республики.
Последние полтора года занимал должность министра по таможенному сотрудничеству Евразийской экономической комиссии.