Адным з асноўных напрамкаў прамысловага супрацоўніцтва Бакоў Рашэннем ВЕЭС з'яўляецца ўзаемадзеянне ў сферы навукі і тэхнікі. На пасяджэнні профільнай рабочай групы з удзелам экспертаў Бакоў у красавіку 2013 года, удзельнікамі нарады падтрымана неабходнасць сумеснай распрацоўкі дакумента, які будзе рэгламентаваць пытанні фарміравання і рэалізацыі міждзяржпраграмы і праектаў у рамках АЭП.
Дэпартаментам прамысловай палітыкі праведзены аналіз міждзяржаўных праграм ЕўрАзЭС, Саюзнай дзяржавы, вывучаны вопыт Еўрасаюза і з улікам вынікаў распрацаваны праект падыходаў да фарміравання і рэалізацыі міждзяржпраграмы і праектаў у рамках АЭП, якія змяшчаюць шэраг наватарскіх прапаноў. У прыватнасці, прапануецца адмовіцца ад выкарыстання міждзяржпраграмы у тым выглядзе, якім яны існуюць у ЕўрАзЭС і Саюзнай дзяржаве, і стварыць больш эфектыўны інструмент на базе Еўразійскіх тэхналагічных платформаў (ЕТП) - асобныя міждзяржаўныя праекты. У якасці канцэптуальнай асновы Дэпартаментам прамысловай палітыкі разглядаюцца наступныя падыходы для далейшай працы ў гэтым напрамку:
а) прыярытэтныя напрамкі межгоспроектов і аб'ёмы фінансавання прапануецца замацаваць у сярэднетэрміновым праграмным дакуменце - Рамачнай праграме АЭП, а рэальным інструментам выканання Рамачнай праграмы стануць ужо сумесныя межгоспроекты, накіраваныя на дасягненне канкрэтных мэтавых паказчыкаў.
б) для адбору і экспертызы праектаў прапануецца стварэнне працоўнага органа, які ўключае прадстаўнікоў Бакоў, ЕТП і ЕЭК, а для прыняцця рашэнняў аб фінансаванні - асобнага органа па межгоспроектам, узровень прадстаўніцтва Бакоў у якім павінен дазваляць прымаць рашэнні без дадатковых узгадненняў на нацыянальным узроўні.
в) для эфектыўнага прыцягнення фінансавання праектаў плануецца прадугледзець гнуткі механізм, які спалучае розныя варыянты дзяржаўнага і пазабюджэтнага ўдзелу.
Далейшая прапрацоўка дадзеных падыходаў з боку дасць магчымасць сфарміраваць прававую і арганізацыйную базу для распрацоўкі і рэалізацыі межгоспроектов ў рамках МС і АЭП: на іх аснове Камісіяй будзе падрыхтаваны праект Палажэння аб парадку распрацоўкі і рэалізацыі міждзяржпраграмы і праектаў у рамках МС і АЭП.