Вопросы железнодорожного транспорта курируются отделом железнодорожного транспорта Департамента транспорта и инфраструктуры ЕЭК.
Отдел обеспечивает следующую работу по углублению интеграции в сфере железнодорожного транспорта:
реализация Соглашения о регулировании доступа к услугам железнодорожного транспорта, включая основы тарифной политики, от 9 декабря 2010 года, а также ведется работа по углублению интеграции в сфере железнодорожного транспорта (Приложение 1);
изучение передового мирового опыта по регулированию железнодорожной деятельности.