Վարչությունը Եվրասիական տնտեսական հանձնաժողովի (ԵՏՀ) կառուցվածքային ստորաբաժանումն է, որն իր գործունեությունն իրականացնում է Եվրասիական տնտեսական միությունում (ԵԱՏՄ) բնակչության սանիտարահամաճարակաբանական բարեկեցության, անասնաբուժասանիտարական, կարանտինային բուսասանիտարական անվտանգության, սպառողների իրավունքների պաշտպանության ապահովման նպատակով:
սանիտարահամաճարակաբանական հսկողության (վերահսկողության), կարանտինային բուսասանիտարական և անասնաբուժական վերահսկողության (հսկողության) ենթակա ապրանքների (արտադրանքի) համապատասխան միասնական ցանկերում և նման ապրանքներին ներկայացվող միասնական պահանջներում փոփոխությունների նախապատրաստման և կատարման աշխատանքի կազմակերպումը.
ժամանակավոր սանիտարական, անասնաբուժասանիտարական և կարանտինային բուսասանիտարական միջոցներ կիրառելիս ԵԱՏՄ երկրների լիազոր մարմինների փոխգործակցության կարգի, ինչպես նաև ԵԱՏՄ երկրների կողմից ԵԱՏՄ մաքսային սահմանին և մաքսային տարածքում պետական սանիտարահամաճարակաբանական վերահսկողության (հսկողության), անասնաբուժական և կարանտինային բուսասանիտարական վերահսկողության (հսկողության) իրականացման կարգի սահմանումը.
անդամ պետությունների քաղաքացիների համար համապատասխան իրավունքների և օրինական շահերի ապահովման հավասար պայմանների ձևավորման նպատակով սպառողների իրավունքների պաշտպանության ոլորտում համաձայնեցված քաղաքականության իրականացման ապահովում.
անդամ պետությունների համար ԵԱՏՄ մասին պայմանագրի՝ սպառողների իրավունքների պաշտպանության ոլորտում համաձայնեցված քաղաքականության իրականացմանն առնչվող դրույթների իրականացման կարգի մասին հանձնարարականների մշակումը.
սպառողների իրավունքների պաշտպանության ոլորտում անդամ պետությունների համատեղ գործողությունների ծրագրերի մշակումը և մշտադիտարկումը.
ԵԱՏՄ անդամ պետությունների սպառողների իրավունքների պաշտպանության հարցերով խորհրդատվական կոմիտեի գործունեության ապահովումը.
սանիտարական, անասնաբուժասանիտարական, կարանտինային բուսասանիտարական միջոցների և սպառողների իրավունքների պաշտպանության ոլորտներում ԵՏՀ-ի և ԵԱՏՄ-ի միջազգային համագործակցության իրականացումը.
ԵԱՏՄ իրավունքի վերոնշյալ ոլորտների ակտերի կատարման մշտադիտարկումը։