Департаменттин негизги милдеттери төмөнкүлөр болуп саналат:
Жогорку Евразиялык экономикалык кеңешинин, Евразиялык өкмөттөр аралык кеңешинин, Комиссиянын Кеңешинин, Комиссиянын Коллегиясынын отурумдарын, Комиссиянын Коллегиясынын Төрагасынын жана Комиссиянын Коллегиясынын мүчөлөрүнүн катышуусу менен иш-чараларды протоколдук камсыздоо, Евразия экономикалык Комиссиясынын Коллегиясынын мүчөлөрүн жана департаменттеринин кызматкерлерин иш сапарларга жиберүүнүн тартиби жана шарттары жөнүндө жобого ылайык, Комиссиянын Коллегиясынын мүчөлөрү жана Комиссиянын кызматкерлери иш сапарларына чыгууларын камсыздоо, ошондой эле Комиссиянын Коллегиясынын Төрагасы жана Комиссиянын Коллегиясынын мүчөлөрү менен жолугушууга келген делегацияларды кабыл алууну протоколдук камсыздоо;
Жогорку Кеңештин, Комиссиянын Кеңешинин жана Комиссиянын Коллегиясынын отурумдарын, Комиссиянын Коллегиясынын Төрагасынын жана Комиссиянын Коллегиясынын мүчөлөрүнүн катышуусу менен иш-чараларды даярдоону жана өткөрүүнү уюштуруучулук жактан камсыз кылуу;
Комиссиянын жетекчилигинин жана түзүмдүк бөлүмчөлөрүнүн ишин документациялык жана техникалык камсыздоо;
Комиссиянын ишмердигин стратегиялык пландаштыруу;
Евразия экономикалык бирлиги жөнүндө келишимдин мүчө мамлекеттеринин экономикаларынын өнүгүүсүн социалдык-экономикалык талдоо жана болжолдоо;
Комиссиянын мүчө мамлекеттердин аймагында илимий-технологиялык өнүктүрүү чөйрөсүндөгү саясатын ишке ашыруу боюнча сунуштарды түзүү;
Комиссиянын иши жөнүндө маалыматты расмий маалыматтык ресурстарга жайгаштыруу боюнча ишти пландаштыруу жана жүзөгө ашыруу, Комиссиянын ишинин маселелери боюнча жалпыга маалымдоо каражаттары, мүчө мамлекеттердин мамлекеттик бийлик органдарынын коомчулук менен байланыш боюнча бөлүмдөрү, эл аралык уюмдар, коммерциялык түзүмдөр менен өз ара иштешүү, Комиссиянын Коллегиясынын Төрагасынын жана Комиссиянын Коллегиясынын мүчөлөрүнүн жалпыга маалымдоо каражаттары менен өз ара аракеттенүүсүн уюштуруу, Комиссиянын Коллегиясынын Төрагасын жана Комиссиянын Коллегиясынын мүчөлөрүн объективдүү маалымат менен камсыз кылуу үчүн ачык булактардын негизинде маалыматтык-аналитикалык ишти пландаштыруу жана жүзөгө ашыруу;
басма ишмердиги, расмий сайтты иштеп чыгуу жана өнүктүрүү, конференцияларды, тегерек столдорду жана башка коомдук иш-чараларды уюштуруу менен байланышкан коммуникативдик долбоорлорду ишке ашыруу аркылуу Комиссиянын ишмердиги жөнүндө объективдүү көз карашты калыптандыруу;
Комиссиянын ишмердигин аудио-, фото- жана видеоматериалдарды даярдоо бөлүгүндө коштоо, Комиссияга тиешеси бар полиграфиялык материалдарды, мультимедиялык продуктуларды жана материалдык объекттерди даярдоодо жана өндүрүүдө бирдиктүү стилдик мамилелерди жана чечимдерди камсыз кылуу үчүн Комиссиянын фирмалык стилин пайдаланууну иштеп чыгуу, ишке киргизүү жана контролдоо; ошондой эле башка коммуникативдик форматтар менен коштоо.
Департаментте төмөнкүдөй түзүмдүк бөлүмчөлөр түзүлгөн:
Уюштуруучулук камсыздоо бөлүмү
Бириктирилген пландоо жана контроль бөлүмү
Иш кагаздарын жүргүзүү жана контролдоо бөлүмү
Протоколдук камсыздоо бөлүмү
Пресс-кызмат бөлүмү
Талдамалык коштоо бөлүмү
Визалык колдоо жана тилдик коммуникациялар бөлүмү